根据除尘器结构形式不同，脉冲喷吹式布袋除尘器设计有2种清灰方式：即布袋除尘器在线清灰和布袋除尘器离线清灰。
一、布袋除尘器在线清灰
高压脉冲空气从脉冲电磁阀通过输气管从滤袋中心上方的喷吹孔高速喷出，穿地滤袋上方的文丘里管的颈部，包括诱导的二次空气，冲向滤袋内部，沿滤袋长度方向产生短促的脉冲压力波，将沉积在滤袋表面上的粉尘剥离下来，粉尘落入灰斗，干净气体通过净气室排除机外。当电磁阀断电时，脉冲电磁阀膜片关闭、止断高压脉冲气流，一次清灰结束。
布袋除尘器在线清灰的问题是高压脉冲空气生成的是与主气流逆向的高压气流冲过滤袋使滤袋抖动，除去滤袋表面上聚集的粉尘，成片的粉尘落入位于除尘器下部的灰斗中，再经卸料装置排出机外。
二、布袋除尘器离线清灰
布袋除尘器离线清灰例如:除尘器设计为多室组合的形式，实现逐室清灰，当某过滤室需要清灰时，该过滤室与主气流隔离开来，过滤室被隔离是通过设置在进气口或者出气口的阀门实现的。这个过程大约保持2～3min。这样的结果导致每一次清灰操作过程中除尘器总过滤面积（或称为毛过滤面积）被降低了一个室的滤布面积，总过滤面积的减少也导致有效过滤面积（或称净过滤面积）的降低。但是，从主气流中隔离开对滤袋实施清灰，从技术上说又有许多优点：
1、穿越滤袋的高压脉冲空气量不必很大即可有效清灰，且所需压力较低。
2、从滤袋表面被清除下来的成片粉尘有足够的时间降落入灰斗，再次飞扬的几率很小。
3、清灰频率下降，滤袋寿命得以延长。
4、配置脉冲电磁阀数量较少，可减少一次投资和维护工作量。
5、清灰所需压缩空气量较少，节省电能。
6、清灰效率高，除尘器能保持较低的压力降，其结果是使除尘系统的运行费用下降。